Las medidas compensatorias son aquellas que se aplican de manera excepcional sobre hábitats o especies para equilibrar los impactos negativos residuales de planes o proyectos (artículo 5.1.k de la Ley 21/2013, y artículo 3.24 de la Ley 42/2007.
Con relación a la Red Natura 2000, aparecen reguladas en el artículo artículo 46 de la Ley 42/2007 (Ley 42-2007 (Patrimonio natural y biodiversidad) (que desarrolla el artículo 8 de la Directiva Hábitats):
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Evaluación ambiental: para cualquier plan, programa o proyecto ajeno que pueda tener efectos significativos sobre las especies o hábitats de los espacios (individualmente o en combinación con otros), se someterá a evaluación ambiental, de acuerdo a la legislación (estatal, autonómica), considerando los objetivos de conservación.
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Conformidad: por los órganos competentes, si no causan perjuicio a la integridad, tras el trámite de información pública.
Los criterios para la determinación de la existencia de perjuicio a la integridad del espacio serán fijados mediante orden del Ministro de medio ambiente (oída la Conferencia Sectorial de Medio Ambiente) (en la práctica se ha realizado mediante guías metodológicas: criterios de la Subdirección General de Biodiversidad, y guía para promotores)
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Autorización excepcional: a falta de alternativas viables, por razones imperiosas de interés público de primer orden (servicios esenciales, infraestructuras críticas, salud pública, seguridad ciudadana… declaradas por Ley o acuerdo del Gobierno, motivado y público, estatal o autonómico).
Estas condiciones deben ser justificadas por la persona promotora en el estudio de impacto ambiental (artículo 35 de la Ley 21/2013), e incluir las medidas compensatorias necesarias (en las fases de planificación y ejecución) para asegurar la integridad de la Red en su conjunto.
En el caso de que el espacio sea una ZEC con hábitats o especies prioritarios (Anexo I y Anexo II de la Ley), solo podrán autorizarse por motivos relacionados con la salud humana, la seguridad pública, mejora primordial del medio ambiente, y otras previa consulta a la Comisión Europea.
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Comunicación a la Comisión Europea: de acuerdo al procedimiento establecido (Orden AAA/2231/2013)